房地產開發(fā)企業(yè)經(jīng)營增值收益部分涉及的稅種主要是土地增值稅和企業(yè)所得稅。為了加強管理，國家稅務總局分別制定了《土地增值稅清算管理規(guī)程》（國稅發(fā)〔2009〕91號）和《房地產開發(fā)經(jīng)營業(yè)務企業(yè)所得稅處理辦法》（國稅發(fā)〔2009〕31號）。

　　房地產開發(fā)企業(yè)的土地增值稅與企業(yè)所得稅雖然都是按所得額（增值額）計算征稅，也都要匯算或清算，但是在匯（清）算時間上，卻存在著明顯的差異。

　　企業(yè)所得稅是以一個會計年度為周期進行匯算清繳，時間是固定的。不論房地產開發(fā)項目是否完工，都要按期預繳，年終匯算清繳，多退少補。

　　土地增值稅卻是以房地產開發(fā)項目為單位進行清算，對于分期開發(fā)的項目，以分期項目為單位清算，開發(fā)項目中，同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。清算期間具有不確定性，可以長于一個會計年度，也可以短于一個會計年度。清算之前按期預繳，達到清算時限條件時，則必須按規(guī)定進行清算，多退少補。

　　土地增值稅清算的條件分為兩類：一是納稅人應該進行清算的條件：（一）房地產開發(fā)項目全部竣工、完成銷售的；（二）整體轉讓未竣工決算房地產開發(fā)項目的；（三）直接轉讓土地使用權的。二是主管稅務機關可以要求納稅人進行清算的條件：（一）已竣工驗收的房地產開發(fā)項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的；（二）取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；（三）納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的；（四）?。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市、計劃單列市）稅務機關規(guī)定的其他情況。